Dazu zwei Fragen:
1. Stehen in der Tabelle nur Elementoffsets oder/und Elementnamen? 2. Wird die komplette Seite aus der DB generiert?

Offsets sehe ich als problematisch bei Änderung von Anzahl oder Position der Elemente (Checkboxen). Stabiler wäre es meiner Meinung nach mit Objektnamen (name-Attribut), über die man im JS per DOM zugreifen kann.

Weil das PHP vor dem Javascript ausgeführt wird, hast Du serverseitig folgende Möglichkeiten:

1. Mit PHP ein Javascript (!) - Array anlegen, das später von setzen() durchlaufen wird
2. Mit PHP einzelne Javascript-Zeilen generieren (ersetzt die Javascript-Schleife)
3. Mit PHP Die Checkboxen direkt im HTML (per Attribut) setzen (ohne Javascript)

freundlichen Gruß
Danny