Was willst du mit der Höhe eigentlich erreichen?

Ich will dass die Höhe des Navigationskastens immer gleich dem Hauptkasten bleibt. Die "min-height" ist für Hauptkasten zwingend notwendig, um die minimale Höhe zu behalten. Da IE das nicht versteht, habe ich * html div#main {height: 83%}

Die Lösungen schliessen sich ja nicht aus.

Wahrscheinlich habe ich mich nicht verständlich ausgedrückt. Deine Lösung div#nav { min-height: 83%;  } und ohne JavaScript habe ich hier realisiert
Mit JavaScript-Einsatz "etwas unabhängiger vom Javascript" wird deine Lösung nicht, weil JS immer die Höhe neurechnet!

Allerdings errgibt sich aus deiner Reaktion die Frage:

Was willst du mit CSS-Layout eigentlich erreichen?

Ich programmiere CMS, wo Content sehr dynamisch ausgegeben wird, also ich will, dass HTML+CSS auch dynamisch bleibt, also keine feste Größen un Höhen. Für Web-Standarts habe ich mich entschieden um Fehlertoleranz auf Client-Seite bei der Scriptprogrammierung zu reduzieren.

Gruß,
Viktor