hallo Jan,

extension_dir = ".\ext"

Hier dürfte dein Fehler liegen bzw. gelegen haben. Überlege dir, was der Punkt eigentlich bedeutet. Außerdem mag PHP eigentlich keine Backslashes, aber es kann sein, daß der IIS das erforderlich macht.

danach auf die "hässliche art" die libmysql.dll in den SystemRoot kopiert bzw auch in Windows\System32

Daran ist nichts häßlich, das entspricht sogar allen Empfehlungen.

Folgendes wäre vielleicht noch relevant:
OS: Windows 2003 Server
PHP Version: 5.1.2 ( http://cbsprojekt.dyndns.org/info.php )
MySql Version: 5.0.18
PhpMyAdmin Version: 2.8.0.3
Webserver: IIS 6

Das ist sehr wohl relevant, du wärst sonst danach gefragt worden. Allerdings gibts für PHP und MySQL inzwischen neuere Versionen, was aber auf dein "Problem" keine Auswirkungen hat. Na gut, es hat sich mittlerweile erledigt, aber da wäre schon interessant, wenn du noch herausfinden könntest, wieso, und das auch mitteilen wolltest.

Grüße aus Berlin

Christoph S.