Hallo.

Eine Logik habe ich noch nicht, ich frage mich auch grad, ob mein Datenbankdesign nicht übers Ziel hinausschiesst.

Diese Frage wirst du nur selbst beantworten können, zumal niemand weiß, ob der hier vorgestellte Zweck der Anwendung auch längerfristig das Ziel bleibt oder ob und in welchem Maße du die Anwendung später ausbauen möchtest.

Macht es sinn, auch die Seiteninternen Links in der DB zu speichern?

Warum nicht?

Sollte ich den Abschnitt Menu besser über normale PHP-Dateien steuern?

Das ist doch eigentlich gar nicht die Frage. Natürlich werden sie mittels der Skripte gesteuert. Woher du dann die Inhalte holst, kannst du dir ja dann überlegen.
MfG, at