@@Alex:

Mein Problem ist nun: ich kriege das JavaScript erst auf das HTML-Dokument angewendet, wenn die Seite vollständig geladen ist (z.B. mit window.onload).

Im einfachsten Fall, indem du diesem Eventhandler ebenfalls eine anonyme Funktion zuweist, die das Gewünschte erledigt:

window.onload = function ()  
{  
  document.getElementById('mylink').onclick = function ()  
  {  
    popup(this.href);  
    return false;  
  };  
};

Zeigt 'this' auf das gewünschte Objekt?

Live long and prosper,
Gunnar