Ob das Darüberlegen des Menüs funktioniert oder nicht, hängt davon ab, wie weit das Programm, welches im darunterliegenden iframe läuft, die Kontrolle über die Ausgabe an sich reißt. Der Adobe Reader ist geradezu dafür berüchtigt, alle anderen Programme zu überlagern. Deine Chancen sehen also schlecht aus.

Übrigens: bei Flash hast Du das gleiche Problem, wenn Du wmode="opaque" setzt.

Gruß, LX