Hallo,
Hast Du Zugriff auf die Error-Logs Deines Webservers? Wenn ja ist das oft ein guter Anhaltspunkt, denn "Internal Server Error" ist imer ein Zeichen dafür, dass IRGENDWAS nicht funktioniert - was steht meistens im Error-log.

Folgende Dinge fallen mir spontan ein:

1.) Das Perl-Script hat nicht die richtigen rechte (keine Ausführrechte)
2.) Du hast das CGI-Modul welches Du benutzt, nicht installiert.

Hast Du mal probiert, das Skript auf der Kommandozeile zu starten?
Was passiert da?

Viele Grüße,
Jörg