"Referenz" ist schlicht und einfach ein Bezeichner, ein Variablenname, der in diesem Fall eben auf eine Funktion hinweist.

Man kann Funktionen auch ohne Referenz definieren und ausführen (bspw. um Code zu kapseln):

(function() {  
   ...  
})()

Was window.setTimeout betrifft: wenn es einen String bekommt, wird dieser innerhalb des Timeouts evaluiert - also das Equivalent von eval ausgeführt (und eval ist so böse, wie es sich auf Englisch anhört!).

Darum ist es gegebenenfalls besser, innerhalb von window.setTimeout eine Funktion zu übergeben.

Gruß, LX