Und du bindest das Include per SSI oder PHP in deine Seiten ein? Mit beiden Techniken ist realisierbar, die jeweils(!) aktuelle Seite nicht zu verlinken. Pseudocode:

IF URI_des_Menüpunkts = URI_der_aktuellen_Seite
  PRINT '<li>Titel_des_Menüpunkts</li>'
ELSE
  PRINT '<li><a href="URI_des_Menüpunkts">Titel_des_Menüpunkts</a></li>'

Wie ich dich richtig verstanden habe, willst du die Datei index.php mittels include eine externes file navi.php importieren lassen, welches dann für jeden menüpunkt den von dir genannten code aufweist. aber kann man mit php php importieren? wenn man mit php etwas importiert, wird es danach nicht an den browser gesendet welcher es als html interpretiert und gar nichts mit dem php.script anfangen kann?

oder habe ich deine idee falsch verstanden?

gruss, solero