ceder: CSS in Javasript einbinden

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hallo erstmal,
ich habe ein kleines problem mir Javascript/CSS:

ich habe eine(ziemlich große) CSS-Datei mit der ich eine (dynmische) Navigationsleiste erstellt habe.
nun möchte ich einfach nur den "alert"-befehl von Javascript dazugben,
wenn ich aber mit javascript arbeite, wird das CSS ausgeschaltet und die (dynamische) Navigationsleiste wieder zu einer einfachen Liste mit Links

was kann ich da tun?
danke im vorraus,
   ceder