Was meine Vorredner sagen wollen
Deine Sätze

nun möchte ich einfach nur den "alert"-befehl von Javascript dazugben

und

wenn ich aber mit javascript arbeite, wird das CSS ausgeschaltet

sind Krampf. Was solls denn tun und wie wolltest du das erreichen?
Wie kommst du drauf dass Javascript und CSS was miteinander zu tun haben, so dass man das eine zum anderen "dazugeben" kann?