So sieht man bspw. schon sehr häufig auf Seiten, die HTML5 verwenden, den Einsatz von <header> anstelle von <div id="header"> (gleiches gilt für das <footer> Element).

Dagegen spricht nichts. Die header- und footer-Elemente können auf oberster Section-Ebene für viele bestehende Header und Footer verwendet werden. Nicht immer, aber häufig.

Das mag ja sein, ist aber nicht der von mir angesprochene Punkt. Denn ein <div id="header"> ist häufig nicht auf den Inhalt (also die Semantik) bezogen, sondern vielmehr auf die Präsentation und kann bspw. die Hauptnavigation beinhalten. Die Wahl der Bezeichnungen "verleitet" also eindeutig aufgrund gängiger Praxis und bestehender Gewohnheiten dazu, semantisch unkorrektes Markup zu schreiben - sehr praktisch wie ich finde, wenn man eigentlich das genaue Gegenteil erreichen will.

Tatsächlich ist das <header> Element mehr zur Kennzeichnung von Überschriften/ Titeln einzelner semantischer Blöcke gedacht (vgl. http://www.w3.org/TR/html5/sections.html#the-article-element).

Das ist kein Widerspruch.

Nö, das nicht, aber s.o.!

Und zumindest bei "aufwändigeren" Layouts wird man auch zukünftig nicht um die Verwendung von DIVs herumkommen.

Selbstverständlich. div-Elemente existieren weiterhin und haben ihre Anwendungszwecke. Sectioning-Elemente waren nie als ein Ersatz für div als rein gruppierendes Element ohne Sectioning-Bedeutung gedacht.

Das bestärkt mich in meiner Meinung, dass es besser gewesen wäre, Autoren die Möglichkeit zu geben, bestimmten ansonsten "inhaltsleeren" DIV Elementen per Attribut eine entsprechende semantische Bedeutung zu verpassen (und/ oder auch eine repräsentative).

Das tun die neuen Sectioning-Elemente.

Ja, und andersherum hätte man dasselbe erreicht mit mehr Vorteilen und ohne die jetzigen Nachteile ...

Die oben genannten Neuerungen sind aber für mich auch primär die, um die zukünftig kein Autor drumherum kommen wird (sofern er HTML5 verwendet).

Jeder kann darum herum kommen. Es wird niemand dazu gezwungen, die neuen Elemente zu verwenden.

Sehr sinnig ...

Auch semantisch korrektes Markup zu schreiben dürfte eher schwieriger, als einfacher werden, weil gerade die neuen Elemente dafür prädestiniert sind, sie "falsch" zu verwenden.

Das ist nun nichts neues. Auch die Elemente von HTML 4 waren ständig Gegenstand einer Diskussion um deren richtige Benutzung. HTML 5 hat da aber mehr für Aufklärung gesorgt. Es ist weitgehend gut definiert, für was die neuen Elemente gedacht sind.

Entschuldige bitte - die "Beschreibungen" könnten kaum "schwammiger" formuliert sein. Beispiel gefällig?
"Not all groups of links on a page need to be in a nav element — the element is primarily intended for sections that consist of major navigation blocks. In particular, it is common for footers to have a short list of links to various pages of a site, such as the terms of service, the home page, and a copyright page. The footer element alone is sufficient for such cases; while a nav element can be used in such cases, it is usually unnecessary."
Schon alleine hier hätte doch eigentlich jedem auffallen müssen, dass eventuell die Möglichkeit einer Unterscheidung zwischen der Hauptnavigation einer Seite und anderen "Linksammlungen" einer Seite ganz gut getan hätte. Und auch Formulierungen wie "not all .. need to be ..." lassen mehr Interpretationsspielraum als dass sie für Klarheit sorgen würden. Und so zieht sich das durch weite Teile der Spezifikation.
Und von einer "Aufklärung" durch HTML5 kann meiner Meinung nach auch keine Rede sein. Vielmehr von allgemeiner "Verwirrung", sei es durch Beiträge, die 2-3 Jahre alt sind und durch zwischenzeitliche Änderungen am Entwurf längst überholt sind, oder durch die unterschiedliche Auslegung der o.g. "sehr allgemein/ schwammig gehaltenen Definitionen" seitens der Autoren.
Und solange der gesamte Entwurf nicht endgültig fertig ist (wenn er das überhaupt jemals sein wird), kann sowieso niemand mit Sicherheit sagen, was nun letztendlich richtig oder falsch ist.

Was natürlich nicht verhindern kann, dass irgendjemand sie falsch verwendet. Diese Möglichkeit ist aber kein Argument gegen sie.
Dinge unnötig verwirrend oder kompliziert zu machen, bzw. Definitionen sehr allgemein zu halten, sind aber auch keines dafür.

Aber vielleicht liegt es wie eingangs bereits erwähnt auch nur daran, dass sich mir der "große Zusammenhang" (bisher zumindest) noch nicht erschlossen hat?

Zumindest scheinst du noch einigen Missverständnissen aufzusitzen.

Das mag ja sein. Allerdings vermute ich mal, dass es nicht nur mir so geht. Und wenn ich mir so manche Beiträge von durchaus "angesehenen" Webworkern im Netz anschaue, dann legt das die Vermutung nahe, dass es zumindest bei einigen Punkten definitiv nicht nur an mir liegt ...!

Gruß Gunther