Das Flash braucht wmode=transparent, damit du HTML-Elemente darüber positionieren kannst:

Wobei der Einbettungscode von Youtube mittlerweile primär als iframe-Lösung daherkommt.

Auf die Flash-Variante würde ich mich nicht verlassen, die kann künftig mal eingestellt werden, wenn 100%ig auf HTML5 umgesattelt wird.