Wobei der Einbettungscode von Youtube mittlerweile primär als iframe-Lösung daherkommt.

Korrekt. In diesem Fall schaltet man das Verhalten über den Query-String an: Man hängt einfach &wmode=transparent an die Adresse an.

Auf die Flash-Variante würde ich mich nicht verlassen, die kann künftig mal eingestellt werden, wenn 100%ig auf HTML5 umgesattelt wird.

Ja, ungefähr im Jahr 2022.
Oder dann, wenn Google die Drohung wahr macht, H.264 aus Chrome zu entfernen?
(Moment, das widerspricht sich: Vernünftige Videos ohne Flash und ohne H.264.)
[Ich schweife ab.]

Mathias