Schon wieder ein Kätzchen tot.
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Immer noch nicht pauschal überzeugt davon ich bin...

Ja, im Falle des Setzens einer/mehrerer CSS-Eigenschaft "in einem Rutsch" ist das togglen einer im CSS definierten Klasse vorzuziehen, meinetwegen mit der Überzeugungshilfe eines ansosnten sterbenden Kätzchens...

Geht es aber um eine Animation / Transition, ist eine JavaScript-Abstraktion, z.B. via jQuery, vorzuziehen:

• Browserübergreifend konsitentes Verhalten gegeben, inkl. IE8/9
• Deutliche elegantere Kaskaden, für gewöhnlich möchte man nach Beendigung einer "Transition" etwas nachfolgendes ausführen: $('#ding').fadeTo(..., folgefunktion)...
• Spätestens, wenn ich verschiedene Transitions anwenden möchte, aber nur auf eine spezielle einen Callback anwenden möchte, wird es hässlich.

Soweit eine Bibliothek durch entsprechende Abstraktion intern CSS3 verwendet: super. Wenn nicht, dann nicht.