Man mag es kaum glauben. Mal wieder. Es hatte nichts mit den Ordnerzugriffen zu tun, nichts mit den Verlinkungen oder dem Script an sich. Er mag sicher nicht der schönste sein, er funktioniert: ich musste die Reihnfolge des Aufrufs der verschiedenen CSS-Datein ändern. Anscheinend hatte ich ausversehen mit einer CSS-Datei etwas anderes ausgehebelt.

Vermutlich durch Inlining

Danke für den Tipp. Werde ich mir auf jeden Fall noch mal genauer anschauen. Zu meiner Schande muss ich gestehen, dass ich die JS-Dateien relativ unangetastet gelassen habe (ich beherrsche zwar Java, aber mit Script tue ich mich schwer). Wenn ich etwas mehr Zeit habe, würde ich mich damit aber durchaus noch mal beschäftigen und über deinen Tipp genauer nachdenken.
Danke. :)