Dir fehlt das Hintergrundwissen:

Dir auch.

Beim Upload mit dem Enctype="multipart/form-data" wird grundsätzlich eine temporäre Datei angelegt [...] Dieses Problem betrifft sowohl Perl als auch PHP, wobei es in PHP wahrscheinlich wie in Perl eine Möglichkeit gibt, zumindest den Zugriff auf diese temp. Dateien einzuschränken.

Quatsch. Bei PHP vielleicht. In Perl nur dann, wenn Du CGI.pm einsetzt. Dort lässt es aber auch abschalten:

http://search.cpan.org/~leejo/CGI-4.04/lib/CGI.pm#Progress_bars_for_file_uploads_and_avoiding_temp_files