/\* fullfill dots in single row \*/  
  do {  
  	this\_row = "row" + irow;  
  	document.getElementById("this\_row").innerHTML = '<div id="col' + icol + '\_'+ irow'" class="dot" style="left: ' + k +'%;"></div>';  
  	icol++;  
  	k = k + 100/240;  
  } while (icol < 240);  

Mit el.innerHTML = '…' wird der Inhalt mit etwas neuem überschrieben. Dabei wird der bestehende Inhalt gelöscht.

Du kannst z.B. erst einen String zusammenbauen, dann am Ende einmal innerHTML setzen:

var str = '';  
str += '<div>';  
for (var i = 0; i < 10; i++) {  
  str += '<p>' + i + '</p>';  
}  
str += '</div>';  
element.innerHTML = str;

Es gibt noch andere Möglichkeiten, den DOM-Baum zusammenzubauen, die vielleicht sinnvoller sind:

• insertAdjacentHTML('beforeend', 'HTML-Code') parst den HTML-Code hängt ihn an das Element an, ohne den Inhalt zu überschreiben.

• Arbeiten mit den DOM-Methoden auf Elementebene anstatt auf HTML-String-Ebene.

http://de.selfhtml.org/javascript/objekte/document.htm#create_element
http://de.selfhtml.org/javascript/objekte/document.htm#create_text_node
http://de.selfhtml.org/javascript/objekte/node.htm
http://de.selfhtml.org/javascript/objekte/node.htm#append_child
http://de.selfhtml.org/javascript/objekte/htmlelemente.htm

Mathias