Moin,

Würde es eine Möglichkeit geben, nur eine PHP Datei wie "ajax.php" zu nehmen, in der aber unterschiedliche DB Abfragen drin sind?

Natürlich.

Wie aber könnte man dann gezielt die richtige PHP Funktion ansteuern?

Mit weiteren Parametern, die übergeben werden.

$.ajax({
  type: "GET",
  url: "ajax.php",// <------------------------------ einfach ändern
  data: {
                       ynumber: pnr,
                       action: "getdays" <----------------------- einfach weiteren Parameter hinzufügen
  },
  dataType : "json",
  success: function(data) {
var gesamthours = data['phours'];
$("#txt_manhours").val(gesamthours);
  }
  });

  
In PHP kannst du dann das $\_POST-Array auswerten, speziell natürlich $\_POST['action']. Wahlweise könntest du auch $\_GET-Parameter nehmen, beispielsweise indem du bei url sowas wie "ajax.php?action=getdays" eingibst.  
  
Ich persönlich gebe auch immer noch einen Status mit zurück, wenn ich sowas baue. Die Struktur der Rückgabedaten ist dann:  
  
~~~javascript
{  
  "status": "OK", // Wahlweise "ERROR", damit weiß man dann ob alles korrekt gelaufen ist.  
  {  
    "data1": "wert",  
    "data2": ...  
    ...  
  } // Rückgabeobjekt  
}

Grüße Marco