Mahlzeit,

muss ich jetzt überall mit ../ arbeiten? Das geht kaum, dann muss ich hunderte von Anpassungen machen.

Du legst in jedem Ordner eine Datei inc.header.php an. In der steht dann

  
include '../inc.header.php';  

Und überdenke dein Seitenkonzept, wenn du jetzt solche Probleme bekommst, ist bei der Planung schon massiv was schiefgelaufen.