Tag.

ich habe offensichtlich auch "duplicate-content".
Ich steuere über index.var in meinem Root-Verzeichnis ob deutsche oder französische Version angezeigt wird.

Du hast kein Problem, weil dein Server automatisch meldet, welche tatsächliche URL er auswählt und liefert. Schaust du dir mit Firebug o.ä. die Serverantwort an, wirst du dort beim Abruf von / in etwa folgende Zeilen entdecken (und ein paar andere, im Moment unwichtige):

Content-Language: de
Content-Type: text/html; charset=utf-8
Content-Location: index.html.de
Vary: negotiate,accept-language,Accept-Encoding

In der letzten Zeile (Vary) steht, dass er aus verschiedenen Quellen eine für den Browser passende gewählt hat (und warum er glaubt, dass sie passt), und in mit Content-Location sagt er, dass die Originalquelle unter /index.html.de abzurufen ist.

Du hast also keine "bösen" doppelten Inhalte, weil du klar zu verstehen gibst, was du auslieferst und wo das Original steht.

Du hast allerdings ein anderes Problem: Der Googlebot sendet, anders als Browser, keine Sprachpräferenzen, mithin bekommt er immer nur die Standardsprache geliefert. So nett die automatische Sprachwahl auch ist, du solltest daher auf jeder Seite dafür sorgen, dass die anderen Sprachen mit einem anklickbaren Verweis eingebunden werden.