Mahlzeit,

Übrigens weiß ich gar nicht, ob das Problem, was systematischer Natur ist, überhaupt mit Perl lösbar ist.

Da es kein Problem gibt, muss es auch nicht lösbar sein.
Wenn du, als Programmierer, eine Sicherheitslücke schaffst und die dann in der nächsten Ebene zu beheben versuchst, hast du ein Verständnisproblem.

Eine Sicherheitslücke gehört da behoben, wo sie entsteht. Wenn sie durch mod_rewrite entsteht, muss das Problem genau da behoben werden. Alles andere ist Symptombehandlung und das ist grundsätzlich schlecht.