Mahlzeit,

Kann man einem PHP-File irgendwie sagen, dass das Script die Includes standardmäßig in einem anderen Verzeichnis macht?

Du kannst per chdir() das Arbeitsverzeichnis dahin schieben, wo du willst.

  
chdir('./unterordner');  
include 'test.php';  

Damit wird die Datei "unterordner/test.php" eingebundne,  die sich so benimmt als würde sich alles in /unterordner abspielen.