Tach!

$script_path = realpath(basename(getenv("SCRIPT_NAME")));

Der PHP-Weg wäre, das Array $_SERVER statt getenv() zu verwenden. Was machst du eigentlich mit dieser Zeile? Die Variable wird anschließend gar nicht verwendet.

Ein Link in 'navigation.php' heisst z.B. 'a.php' ('a.php' liegt am gleichen Ort wie 'navigation.php').
Mit MYPATH/pages/a.php sollte meiner Ansicht der Link zu /root/pages/a.php werden (wo die Datei ja auch liegt). Tut er aber nicht - sondern: /root/pages/pages/a.php.

Richtig, denn MYPATH wird anhand des SCRIPT_NAME vom vom Request aufgerufenen Script ermittelt und nicht anhand des Dateinamens von mypath.php.

dedlfix.