Hier ist Default:binary für das Transferformat eingestellt.

Sollte passen. Ich hatte damit noch keine Probleme. CR wird bei mir nie entfernt, auch wenn ich auf Windows schreibe und unter Linux laufen lasse.

Ich tippe darauf dass deiner Installation noch etwas fehlt. Hast du den Fehler schon in eine Suchmaschine getippt? Ich finde da z.B. einen Tip mit php-cli. Ist schon älter aber evtl. immer noch gültig. Unter Linux gibt es leider nicht immer Installationspakete die alles nötige enthalten.