Daher meine Frage, ist es Sinnvoll die Dateien auch mit in den Unterordner "include" zu legen

Das würde verhindern dass man auf sie zugreifen kann, natürlich nur sofern der include Pfad nicht auch irgendwie erreichbar ist.

und kann ich irgendwie verhinder, dass diese Dateien nicht direkt aufgerufen werden können?

Durch die htaccess Datei geht das auch, ich weiß nicht wie aber Suche nach "htaccess deny access to certain files" bringt einige Treffer die nicht kompliziert aussehen.