Moin Theo,

Das …

print qq{<a href="file:///C:/Test/Test.pdf">Hier der Link zu einem PDF</a>};

  
ist ein Link auf eine lokale Datei im lokalen Kontext und kein Link ins Inter-/Intranet (also nicht übers HTTP). Dein Browser wird den Zugriff auf lokale Dateien verhindern und du willst vermutlich, dass der Server die Ressource ausliefert.  
  
Viele Grüße,  
Robert