Hallo Holger,
ich denke, Du suchst "ssh". Sollte eigentlich bei jeder Distribution dabei sein. In letzter Zeit gibt es aber massive Angriffe auf aeltere Versionen (ssh1, es gibt dort ein bekanntes Sicherheitsloch), also im Zweifelsfall von http://www.ssh.org/ den aktuellen Quellcode ziehen und compilieren.

ich würde gerne übers web an meinem linux-server arbeiten.
gibt es ein zb ein javaaplet das am server ist und ich mich über das zb als root einloge und dann am server arbeite.

1. gibt es das?

Keine Ahnung, ssh ist unabhaengig von Webservern (lauscht standardmaessig auf Port 22).

2. ist es sicher?

Ja (soweit Sicherheit eben geht)! Die Verbindung einschliesslich Passwortuebertragung erfolgt verschluesselt, auf dem Zielserver muss natuerlich ein ssh-Demon laufen. Ansonsten mal auf http://www.linuxdoc.org/ nach ssh suchen.

Gruss
Thomas

P.S. Es gibt auch freie Windows-Clients, suche mal bei Google nach "Putty" (bin damit gerade an der Uni eingeloggt).