N'Abend!

<script type="text/javascript">
<!--
window.setTimeout("window.close()",5000);
//-->
</script>

Na ja, du rufst hier ja direkt das Window-Close auf. Du könntest anstelle dessen auch eine Funktion einsetzen, die das gewünschte leistet:
<script type="text/javascript">
<!--
function close_and_refresh() {
   if (opener) {
     if (!opener.closed) {
       opener.location.reload();
     }
   }
   window.close();
}

window.setTimeout("close_and_refresh()",5000);
//-->
</script>

Was tut das? Na ja, das mit dem .close() dürfte klarsein, vorher vergewissert er sich ob es das öffnende Fenster noch gibt und falls ja lädt er die letzte URL neu. Hilfe z.B. hier: http://de.selfhtml.org/javascript/objekte/location.htm#reload

MfG
Rouven