1. Sollte das Layout Fensterfüllend sein, oder nicht (bei nicht z.B.: weiße/graue Streifen am Rand)

Möglichst an 1024x768px anpassen, weil die meist verwendete Auflösung.

2. Soll die Navigationsleiste oben oder links an der Seite stehen? Was ist besser?

Besser links.

3. Sollten fixierte Bereiche verendet werden (nur Inhalt scrollbar, Navigation, Kopf & Fußleiste fest)?

Hängt von deinen Anforderungen ab.

4.Was zeichnet ein modernes Layout aus?

Sicherheit, Dynamik und vorallem validen Code.