Wie kann ich erreichen, dass auch die link-Tags, genauso wie die meta- und title-Tags richtig eingerückt dargestellt werden?

Zwei Möglichkeiten: tidy (einfach mal in All Configuration im Install-Tool nachsehen) - muss natürlich am Server vorhanden sein.

Oder du nutzt eine PHP-Bibliothek die den Code bereinigt und sauber einrückt - da gibts bereits eine Extension das und einiges mehr tut - allerdings teilweise nicht recht sauber - sourceopt nennt sich diese.

Ich arbeite seit einiger Zeit selbst an einer entsprechenden Extension, hab aber noch keine ordentliche PHP-Klasse oder vergleichbares gefunden die Tidy ordentlich ersetzen könnte.

Wie kann ich das <p>-Tag meinen Wünschen anpassen?

Siehe oben.