so ich habe die Thickbox in die Seite eingebaut, dass einzige was nicht erscheint ist das "LadeImage.gif" obwohl die Pfade meiner Meinung nach passen..

Da kann man dir ohne genauere Infos auch nicht helfen.

was ich sehr schade finde, dass meine Flash Animation im Hintergrund weiterlaeuft und zu sehen ist, gibt es noch eine Moeglichkeit das zu verhindern?

Wenn dein Flash über ein External Interface verfügt, kannst du beim Öffnen-Event der Thickbox das Flash stoppen und danach (beim Schließen) wieder starten.