Mit einem verschlüsselten Protokoll wie SFTP oder SCP (beides basierend auf SSH) hat man das Problem nicht mehr - und dann ist auch egal, ob der eine Teil der Übertragungsstrecke nun etwas unsicherer sein soll, als der Rest.

FTPS (FTP with TLS) hast du vergessen ;) zwar nicht SSH-basiert, aber dennoch eine Alternative.