Tach!

Auf beiden befindet sich der selbe Text, welcher dieses Zeichen š beinhaltet. Internet zeigt das normal an und im Intranet wird mir anstelle diesen Zeichen ein ? angezeigt...

Ein ? oder ein �? Ein Fragezeichen deutet darauf hin, dass eine Umkodierung stattfand, in eine Kodierung, die ein bestimmtes Zeichen nicht enthält. Beispielsweise UTF-8 nach ISO-8859-1, denn in letzterem ist š nicht enthalten. Allerdings ist es in Windows-1252 vorhanden.

Charset bei beiden ist UTF-8

Wie hast du das kontrolliert?

nur beim Doctype ist ein Unterschied: [...]
Passe ich das im Intranet an dann hauts mir das Layout etwas durcheinander, aber das ? ist trotzdem noch vorhanden... :/

Wenn es im Intranet das Layout durcheinander haut, verwendest du vermutlich einen neueren IE, bei dem für das Intranet der Kompatibilitätsmodus eingeschaltet ist (Standardeinstellung). Mit dem Zeichenkodierungsproblem hat das aber nichts zu tun.

Muss ich auf dem Server, wo die Seiten hinpubliziert werden etwas einstellen?

Erstmal muss die Ursache gefunden werden. Aber generell: ja, von nichts kommt nichts. Literatur dazu: SELFHTML-Wiki: Zeichencodierung

dedlfix.