Ich habe innerhalb einer Seite ein Iframe als Lightbox geöffnet. Nun möchte ich per "Element" aus dem Iframe Selbiges schließen und zudem im Parent Window eine neue Seite öffnen.

1. Was nehme ich als "Element"? Ich dachte an einen Button.

Dann mit JS. Ohne JS geht es mit einem Link nebst target-Attribut:

<a href="/foo/bar" target="_top">/Foo/Bar</a> 

Freilich bis Du nicht daran gehindert, einen Link wie einen Button aussehen zu lassen.

2. Muß ich die Weiterleitung im Parent Window zwingend per JS machen? (Mir fällt nicht ein, wie ich es über php machen könnte)

Wie gezeigt muss das nicht sein.