Das Problem was auftitt ist, dass ich es gerne hätte dass man über ein CGI Script einen befehl ausführen kann den man genauso in die Shell eingeben würde z.b. /etc/init.d/apache2 start oder sudo bash o.ä.

Das ist prinzipiell über einen system-Befehl (oder einen ähnlichen) möglich. Probleme wird es aber - wie bereits gesagt - oft mit den Rechten geben, da der Webserver meist unter einem User gestartet wird, der (aus gutem Grund!) wenige besitzt.

Ein Aufruf mit sudo wird so nicht klappen, denn der erwartet danach eine Eingabe über Tastatur. Es sei denn, Du hast für diesen Befehl explizit die Anfrage nach dem su-Passwort ausgeschaltet (Stichwort sudoers-Datei).

Gruß
Stefanie