Allerdings gibt es da noch eine weitere (ja, noch eine!) Schwierigkeit. Das Script soll auf einem anderen Server laufen, als der, auf dem die Dateioperation ausgeführt werden soll.

Jetzt hast Du mich endgültig verloren. Was ist "die Dateioperation"?
Meinst Du: Das Skript soll über einen Webserver auf dem Rechner A aufgerufen werden, aber eine Datei auf dem Rechner B verändern? Theoretisch geht das, wenn das Skript auf A ein anderes Programm / Skript / Irgendwas auf B aufruft /(remote shell oder was auch immer) - nicht daß ich das im allgemeinen Falle für besonders sinnvoll halten würde. Aber es könnte sein, daß Du beispielsweise einen Datenbankserver hast und auf diesem keinen Webserver installieren darfst, aber über einen solchen auf die Daten zugreifen willst - dann würde man so etwas auch mit zwei getrennten Kisten machen können.

Jetzt frage ich mich, ob das überhaupt möglich ist, oder ob da nicht bestimmte Sicherheitsverletzungen auftreten.

Dazu kann ich erst etwas Endgültiges sagen, wenn ich den Punkt oben verstanden habe. "Möglich" ist fast alles, wenn die richtigen Leute die richtigen Berechtigungen besitzen. Ob das in Deiner Konfiguration der Fall ist, wird man sehen.
Das Skript auf A müßte wissen, wie B heißt, über welche Benutzerkennung mit welchem Passwort es sich auf B anmelden darf, welches Programm es auf B ausführen soll usw. - aber "gehen" tut es.

Und wenn es möglich ist, für welchen der Servertypen muß das Script kompiliert sein?

Für den, auf dem es laufen soll - deshalb hast Du mich ja verwirrt. Denn Deine Aussagen klingen plötzlich so, als ob Du von zwei Teil-Skripten auf verschiedenen Rechnern schreibst.